Аюпов Марат Мухтарович начал трудовую деятельность в органах прокуратуры в 2015 году. 

В разные годы работал помощником прокурора Мамлютского и Кызылжарского районов, прокурором, старшим прокурором Управления прокуратуры области, начальником отдела прокуратуры г. Петропавловска, заместителем начальника Управления по защите общественных интересов прокуратуры Северо-Казахстанской области.

С сентября 2023 года работал в должности начальника Управления по защите общественных интересов прокуратуры Северо-Казахстанской области.

Стаж трудовой деятельности Марата Аюпова составляет более 22 лет, из них больше 18 лет он работает в правоохранительных органах.